由于潔凈空調系統(tǒng)的特點和普通空調系統(tǒng)不同，因此空氣處理過程和空氣處理的參數(shù)也不同，在選擇空調箱時，必須滿足潔凈空調系統(tǒng)的要求。 
空調箱必須具備初、中效二級過濾的功能。初、中效過濾器要根據(jù)潔凈空調系統(tǒng)對潔凈度的要求和工程所在地室外環(huán)境的大氣含塵濃度來選擇過濾效率（過濾級別）。還要考慮初、中效過濾器的阻力和容塵量。初、中效過濾器的阻力分初阻力和終阻力，選擇空調箱的風機時應按它的終阻力來計算容塵量，也就是初、中效過濾器的使用壽命。初、中效過濾器還分可清洗的和不可清洗的兩種，選擇時應根據(jù)工程的具體情況和業(yè)主的要求來選擇。因為多級過濾器的阻力很大，表冷器的排數(shù)多，阻力也增大，所以潔凈空調系統(tǒng)的空調箱所選用的風機風壓要比普通空調系統(tǒng)高許多，空調箱的壁板承受的壓力也就大多了。潔凈空調系統(tǒng)對漏風量的控制也應比普通空調系統(tǒng)更嚴格，因為系統(tǒng)的漏風不僅影響室內的溫濕度或造成能源浪費，還會影響無塵車間的潔凈度，因此對潔凈空調系統(tǒng)的空調箱結構要求更高，無論是板式還是框架式結構都要求變形量最小。
由于工藝要求，潔凈空調系統(tǒng)往往是室內的溫濕度基數(shù)比普通空調要低，因此送風狀態(tài)點的溫度也相應比較低。為了讓空調箱箱壁不結露，對空調箱箱壁保溫材料的厚度和傳熱系數(shù)的要求更高，空調箱連接點的冷橋處理要求更高，必要時要做結露校核計算。 
潔凈空調設計規(guī)范規(guī)定無塵室內的噪聲不高于60db。潔凈空調系統(tǒng)的風量比普通空調系統(tǒng)的風量要大，風系統(tǒng)的阻力也大，選用的送風機風量大，風壓也大，風機轉速也要高，所以產生的噪聲也就大。為了滿足規(guī)范的要求，往往還要在空調箱內設置消聲器。為了避免消聲器的吸聲材料成為發(fā)塵源，一般在潔凈空調系統(tǒng)的空調箱內都選用微穿孔板消聲器。微穿孔消聲器的消聲量要根據(jù)消聲器的長度計算。
潔凈空調系統(tǒng)空調箱功能鍛數(shù)要多于普通空調系統(tǒng)，而且維護保養(yǎng)的要求也比較高，例如初、中效過濾器需要經(jīng)常更換。空調箱內壁要清潔、消毒，所以空調箱的長度也比普通空調系統(tǒng)的空調箱長。為了節(jié)省空調機房的面積，在滿足使用功能的前提下，應盡可能使結構緊湊。 
潔凈空調系統(tǒng)中化學過濾器應根據(jù)生產過程中所產生廢氣的性質和廢氣的量來確定化學過濾的種類，防止?jié)崈艨諝庋h(huán)次數(shù)多而使廢氣的濃度越來越高。潔凈空調箱在新風入口段是否要設置化學過濾器，要根據(jù)工程所在地的大氣環(huán)境來決定。如電子廠房設置在海邊，海水蒸發(fā)會使空氣中的氯、鈉離子數(shù)量增加。若不作處理，離子進入無塵車間會對產品造成影響，就應該在新風入口處設置化學過濾。
潔凈空調系統(tǒng)選用空調箱風機時要考慮到潔凈空調系統(tǒng)的風阻力比一般空調系統(tǒng)要大，因為有初、中、高效三級過濾而且阻力變化也很大。初、中、高效三級過濾器從初阻力一直到終阻力的阻力疊加數(shù)值占整個潔凈空調系統(tǒng)總阻力的比例很大，因此空調箱應該選用變頻風機，這里選用變頻風機不是為了改變潔凈系統(tǒng)的送風量，而是為了適應初、中、高效過濾器的阻力變化。全新風潔凈空調系統(tǒng)中，若因工藝發(fā)生變化造成排風量的變化，為了保證室內的正壓值不變，可以通過送風機的變頻來相應改變送風量。